Eesti puuliikidest kuulub kaitse alla harilik jugapuu, tuhkpihlakas ning laukapuu (II kaitsekategooria) ja harilik kikkapuu, mets-õunapuu, mets-pirnipuu ja künnapuu (III kaitsekategooria), põõsastest hanepaju (II kaitsekategooria) ning must tuhkpuu, harilik porss ja põõsasmaran (III kaitsekategooria)
Eestis on üle 700 kaitse all oleva puu, allee või puudegrupi. Kõige tuntum kaitsealune puu on ilmselt Tamme Lauri tamm. Kaitsealused üksikpuud Eestis ongi ennekõike tammed, neile järgnvad männid ja pärnad..